Zmiany w organizacji komunikacji miejskiej, w tym zreorganizowanie rozkładów MPK, nastąpią już 23 lipca i potrwają do 3 sierpnia. Poruszanie się po mieście ma być jednak ułatwione przez przygotowanie tras korytarzowych linii tramwajowych i autobusowych. Linie te będą łączyć odległe tereny w mieście i pojazdy będą kursowały z częstotliwością co ok. 3–5 minut.
Podczas Światowych Dni Młodzieży komunikacja miejska będzie kursować z większą częstotliwością niż zazwyczaj w okresie wakacyjnym. Wyznaczone zostaną dodatkowe buspasy, a do przewozu pasażerów przeznaczonych zostanie 250 tramwajów i 580 autobusów. Miasto, aby zachęcić mieszkańców do korzystania ze środków publicznego transportu, zaproponowało wprowadzenie biletu umożliwiającego przejazd przez 6 dni w cenie 15 zł. Bilet będzie obowiązywał w granicach miasta i na trasach aglomeracyjnych. Korzystać z niego można w dniach od 26 do 31 lipca. Poruszanie się po mieście ułatwić powinny zakończone remonty ulic (remonty nakładkowe przeprowadzono na 27 ulicach Krakowa.
Zobacz więcej: Krakowskie ulice do remontu
Informacje związane z ruchem drogowym w czasie Światowych Dni Młodzieży w Krakowie można znaleźć na stronie Zarządu Infrastruktury Komunalnej i Transportu w Krakowie (www.zikit.krakow.pl) w zakładce ŚDM 2016. Wśród dostępnych tam informacji jest chociażby wykaz ulic zamkniętych dla ruchu, a także tych, w których zostanie zmieniona organizacja ruchu. Dla mieszkańców, którzy chcieliby dowiedzieć się jaką wjazdówkę powinni posiadać, by móc swobodnie poruszać się po strefach dopuszczonych do ruchu udostępniona została także specjalna infolinia: 12 616 86 06.